بررسی چگونگی تشکیل رشته های آمیلوئید با استفاده از روش شبیه سازی دینامیک مولکولی
پایان نامه
- وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پایه
- نویسنده مصطفی صدیقی
- استاد راهنما حسین نادری منش
- سال انتشار 1386
چکیده
5 نانوثانیه شبیه سازی دینامیک مولکولی بر روی زیرواحد های تک واحدی پروتئین ترانستیرتین وحشی و نوع جهش یافته y78f انجام شد. نتایج بدست آمده به هدف بررسی تاثیرات احتمالی این جهش بر ویژگی های دینامیکِ این مولکول که با تمایل بالای این جهش یافته به ایجاد رشته های آمیلوئید مرتبط می باشند مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت. یافته اصلی ما، سازوکار جدیدی برای چگونگی افزایش میزان تمایل این مولکول به ایجاد رشته های آمیلوئید توسط این جهش، پس از جدا شدن زیرواحد های حالت چهار تایی آن از یکدیگر می باشد. بر اساس نتایج ما، تاثیرات این جهش بر الگوی توزیع نیرو های الکترواستاتیک و شبکه پیوند های هیدروژنی در حالت طبیعی این پروتئین را می توان به عنوان یکی از سازوکار هایی در نظر گرفت که این جهش از طریق آن باع.....
منابع مشابه
شبیه سازی خواص الاستیک نانو کامپوزیت Al-SiC با استفاده از روش دینامیک مولکولی
In the present work, molecular dynamics simulation method was used for determining Young's modulus, Shear modulus and Poisson’s ratio of Al-SiC nanocomposites, with different volume fractions of the reinforcements. For simulation, the open source package, LAMMPS, was used. After putting Aluminum and Silicon Carbide atoms in their initial positions, interatomic potentials between them were defi...
متن کاملبررسی مکانیسم مولکولی جلوگیری از تشکیل توده های بتا-آمیلوئید توسط پنتا پپتاید به روش شبیه سازی داکینگ و دینامیک مولکولی
آلزایمر شایع ترین نوع بیماری زوال عقل در افراد بالای 65 سال می باشد که علت اصلی و روش درمان قطعی آن تاکنون به درستی مشخص نشده است. مطالعات آسیب شناختی، تشکیل پلاک های فیبری و توده های تجمع یافته پروتئین آمیلوئید بتا در سیستم اعصاب مرکزی را به عنوان یکی از دلایل بیماری آلزایمر پیشنهاد و مهار این فرایند را به عنوان روش درمان مؤثر برای این نوع بیماری معرفی کرده اند. ناحیه والین10-اسیدگلوتامیک22 از...
متن کاملبررسی میانکنش پپتید ضد میکروبی سیکلوویولاسین o2 با غشا باکتری با روش شبیه سازی دینامیک مولکولی
چکیده سیکلوتیدها پپتیدهای کوچک غنی از باندهای دی سولفید هستند که از گیاهان جدا شده اند و دارای طیف وسیعی از فعالیت های زیستی شامل فعالیت ضد میکروبی، ضد تومور، حشره کشی وAnti-HIV می باشند. با توجه به افزایش باکتری های مقاوم به دارو، جامعه ی جهانی در حال رویارویی با یک چالش جدی است و نیازی ضروری به ترکیبات جدید برای درمان بیماری ها احساس می شود. سیکلوتید ها به عنوان پپتیدهای کوچک، پتانسیل بالایی ...
متن کاملمطالعه ارتعاش آزاد طولی نانولوله های کربنی مارپیچی تک جداره با روش شبیه سازی دینامیک مولکولی
در این مقاله ارتعاش آزاد طولی نانولوله های کربنی مارپیچی تک جداره برای شرایط مرزی مختلف با روش شبیه سازی دینامیک مولکولی مورد بررسی قرار گرفته است. تاکنون با بهره‌گیری از این روش، رفتار ارتعاشی طولی این شکل از نانولوله ها مورد مطالعه قرار نگرفته بود لذا در پژوهش حاضر با استفاده از روش مذکور فرکانس اصلی مربوط به ارتعاشات طولی نانولوله های کربنی مارپیچی تحت پتانسیل رِبو و بدون در نظر گرفتن اثر گرم...
متن کاملشبیه سازی خواص الاستیک نانو کامپوزیت al-sic با استفاده از روش دینامیک مولکولی
- در تحقیق حاضر از روش شبیه سازی دینامیک مولکولی برای پیش بینی خواص الاستیک شامل مدول الاستیک، مدول برشی و ضریب پواسون نانو کامپوزیت زمینه فلزی al-sic با درصدهای مختلف تقویت کننده استفاده شده است. برای انجام شبیه سازی از بسته ی نرم افزاری متن باز lammps استفاده گردیده است. پس از قرار دادن اتم های آلومینیوم و سیلیکون کارباید در مکان های اولیه خود، بین آن ها پتانسیل بین اتمی مناسب تعریف شده است. ...
متن کاملبررسی خواص مکانیکی پلی وینیل پیرولیدون تقویت شده با نانولوله های کربنی تک جداره با استفاده از روش شبیه سازی دینامیک مولکولی و مدلسازی المان محدود
در این مقاله با استفاده از روش شبیهسازی دینامیک مولکولی، خواص مکانیکی پلی وینیل پیرولیدون تقویتشده با نانولولههای کربنی تک جداره مورد بررسی قرار میگیرد. اثر قطر و کایرالیتی نانولوله بر مدول الاستیک نانوکامپوزیت تقویت شده با نانولولههای کربنی مطالعه میشود. نشان داده میشود که پلیمرهای تقویت شده با نانولولههای زیگزاگ از نانولولههای آرمچیر، دارای مدول یانگ طولی بزرگتری هستند. به عنوان نمون...
متن کاملمنابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده{@ msg_add @}
نوع سند: پایان نامه
وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پایه
کلمات کلیدی
میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com
copyright © 2015-2023